O ME (Movimento Estudantil) é uma célula importante dentro da Universidade. Embora muitas vezes tenha sua imagem denegrida por atitudes irresponsáveis de alguns representantes, é ele quem reivindica e alcança melhorias para os estudantes.
O ME universitário é composto pela seguinte estrutura:
CA - Centro Acadêmico. Entidade que representa os estudantes de um curso ou faculdade dentro da Universidade.
DCE - Diretório Central dos Estudantes, a diretoria do DCE é composta por estudantes de vários cursos, eleitos, assim como os Centros Acadêmicos, por voto direto anualmente. O DCE tem por objetivo, lutar pelos interesses dos estudantes da UFMT e também participar das lutas do movimento popular. A sede do DCE fica em frente o RU (Restaurante Universitário).
UEE - União Estadual dos Estudantes. Representa os estudantes universitários do estado.
UNE - União Nacional dos Estudantes. Representa (nacional e internacionalmente) todos os estudantes universitários do país.
